Fundación
Según los historiadores de la región existen varias versiones sobre la fundación de Túquerres, la primera de ellas asegura que fue obra del Cacique Túquerres en el año 1447. La segunda atribuye la fundación a unos religiosos que llegaron con Sebastián de Belalcázar en 1536. La tercera versión publicada por Fray Fernando de Túquerres dice que fue fundada por Miguel de Muñoz en 1541. En el año 1776 se conformó como Corregimiento y en 1793 en Cantón. La provincia de Túquerres se creó mediante ley 28 del 18 de junio de 1864 con cabecera en el poblado del mismo nombre y en 1933 fue erigido Municipio. Cuentan algunas historias que el primer poblado fue constituido por los indígenas y se asentó en los Arrayanes, sitio escogido por la fertilidad de los suelos.
El desarrollo de este primer Túquerres fue favorecido por el mercadeo y el comercio situado en sitios estratégicos siempre ligado a otros pueblos de la región. Los habitantes del antiguo Túquerres establecido en los Arrayanes y al mandato de sus caique huyeron a la dominación inca hacia Yascual, por caminos conocidos y subterráneos que utilizaban para casos especiales y de los cuales quedan vestigios, abandonando a los ancianos y enfermos, según su costumbre, y que demuestra que existían cacicazgos fuertes y autoritarismo. Probablemente los indígenas conocían el potencial aurífero de “Ascual”, pero no se tiene noticias de una concentración de población en el caserío. Su nombre significa “lombriz”, por la forma del lugar. La población fue fundada formalmente por padres mercedarios; padres agustinos fundaron centros educativos en impulsaron su progreso, cuando las minas se agotaron la población entró en decadencia.
Según tradición oral, se dice que fue el capitán Miguel Muñoz quien la bautizó con el nombre de Villa de Túquerres y gestionó su reconocimiento ante la Real Audiencia de Quito, mereciendo así que se le reconozca como el fundador de la Villa. Don Miguel Muñoz se estableció en este lugar, porque encontró en estas tierras una cierta similitud a su tierra Cantarria, provincia de Vizcaya (España), por esto y por la organización comercial del mencionado lugar con la zona tuquerreña se conoció a sus habitantes “cantarranos”. El nombre de Tùquerres puede derivar de: Tucurris. – Cieza de León.Tuzaquer.–Fernández de Piedrahíta. Túzarris. – Así lo nombra Mejía y Mejía Justino en su Geografía Pastusa de la Fe. Táquerres. Derivación de Túquerres, el cacique que se asegura comandaba los pueblos nuclearizados en la zona. Esta versión es muy aceptada.
Levantamiento comunero de 1800
A la región llegaron en 1792 desde el Valle del Cauca los hermanos Francisco, Atanasio y Antonio Rodríguez Clavijo, conocidos popularmente como los Clavijos, hijos de españoles llegados a América. Francisco fue designado corregidor y Atanasio como recaudador de Impuestos. Los Clavijos se destacaron por su despotismo y crueldad contra los indios, incrementaron los impuestos y diezmos, además de cobrar a las nativas hasta por dar a luz, diferenciando el cobro si el recién nacido era niño o niña. Todo lo anterior, sumado a la desatención de los reclamos de los indios por parte de la Gobernación de Popayán incrementó el descontento de la población que dirigida por Ramón Cucas Remo, Julián Carlosama y Lorenzo Piscal comenzaron a reunirse y discutir sobre la situación. Los cabecillas del movimiento llamaron a toda la comunidad de los pueblos vecinos a sumarse al reclamo que harían a los Clavijos, exigiendo que se bajen impuestos y se terminen los abusos de estos contra los indios.
Los ánimos estaban agitados, y el levantamiento comunero de mayo de 1800, prendió su antorcha libertaria en Guaitarilla el domingo 18 de mayo, cuando finalizada la misa mayor Manuela Cumbal y Francisca Aucúg arrebataron el nuevo decreto de impuestos de manos del sacerdote del sitio Bernardo Erazo. El 19 de mayo los indios del lugar empezaban a organizarse, mediante los recorridos que hace Andrea Cucás hermana de Ramón, logrando concentrar a más de 300 indios en el punto denominado La Cofradía (ubicado a 1km del actual Túquerres), llegaron hasta ahí indios de Guaitarilla, Imues, Yascual, Sapuyes y varios sitios más. La turba se dirigió a la casa del corregidor, solicitando que entregue el decreto de impuestos para destruirlo, este les dice que no lo tiene en ese lugar, y que lo entregaría en unos días, pero esto solo enfurece más a los indios, que atacan la casa y la fabrica de aguardiente de los clavijos. Estos logran escapar y se ocultan en la iglesia del pueblo.
En la mañana del martes 20 de mayo la turba trató de ingresar al templo, el Padre Ramon Ordóñez de Lara en un intento por apaciguar los ánimos dispone hacer una procesión con la Virgen Inmaculada y Jesús Sacramentado pero la comunidad a pesar de su religiosidad no participa. Julian Carlosama, Ramon Cucas Remo, Lorenzo Piscal y entran al templo en compañía de la turba, los Clavijos se escondían en el nicho de la virgen del cual fueron bajados y muertos a lanza y piedra, arrastrados por la plaza y luego sepultados en el templo por petición del sacerdote Ordóñez de Lara. Las noticias de lo ocurrido llegaron rápidamente a las ciudades cercanas, luego se las investigaciones pertinentes fueron apresados y enviados a la cárcel de Pasto varios sublevados entre los que estaban los cabecillas Ramón Cucas Remo, Julián Carlosama y Lorenzo Piscal, que fueron encontrados culpables y condenados a morir en la horca. La sentencia se cumplió el 22 de noviembre de 1802, Ramón Cucas Remo y Julián Piscal fueron llevados a cumplir su sentencia arrastrados por las calles de Pasto a cola de caballo y posteriormente a su ejecución fueron descuartizados. Finalmente se dispuso que las cabezas de los ajusticiados se enviaran a Túquerres, y las manos a Guaitarilla y se expusieran en las plazas como mensaje a la población. Esta rebelión es recreada en la novela “Los Clavijos” de Juan Álvarez Garzón.
Época de la Independencia
En la época de la independencia, el General Simón Bolívar, al no encontrar aceptación para sus ideales en Pasto, libra la llamada Batalla de Bomboná el 7 de abril de 1822. El 12 de julio pasa triunfante por Túquerres en su viaje Quito. En el periodo 1.846 – 48 don Simón Rodríguez, se desempeña como profesor en una escuela de Túquerres, hoy instalaciones del Instituto Normal Teresiano.
Siglo XIX e inicios del XX
En 1793 Túquerres era Cantón, luego en 1846 pasó a ser provincia y varios políticos y personas prestantes gestionaron intensamente para que sea Departamento y en 1.908 lograron crear el Departamento de Túquerres, pero la oposición en de los demás departamentos en que se subdividió el departamento de Nariño, se opusieron rotundamente y por el decreto 196 de 1909, fue abolido (El departamento de Nariño se subdividió en 3: el de Pasto el de Túquerres, y el de Tumaco).
Terremotos
Entre 1935 y 1936, Túquerres fue desolada por una serie de movimientos telúricos que destruyeron además del centro urbano, el caserío de la chorrera dejando un saldo trágico de más de 1000 víctimas mortales, además de un notorio cambio en la topografía. Se reconstruye en el gobierno de López Pumarejo mediante ley 115 de 1.936 de 5 de agosto debatida en el Congreso Nacional. Sin embargo, este municipio conserva aún, parte de la importancia que tuvo en la época republicana y a principios del siglo XX como sitio estratégico en la comercialización de los productos agrícolas del altiplano nariñense así como del oro de las minas de Barbacoas. También es paso obligado para el transporte de mercancías hacia el puerto de Tumaco.
Conflicto armado interno
El municipio de Túquerres ha sido afectado por la presencia de grupos armados ilegales, guerrillas y paramilitares, dado su carácter estratégico como municipio fronterizo y puente que enlaza a la región andina con la región pacífica del departamento, sirve como lugar de paso de la droga que se embarca en la costa pacífica con rumbo a los mercados internacionales. En su territorio opera un frente del Ejército de Liberación Nacional (ELN) denominado “Comuneros del sur”, también operaba el Bloque Sur de la guerrilla de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia – Ejército del Pueblo (FARC-EP) y hacia la vertiente costera se ubican zonas controladas por grupos denominados “bandas emergentes” que provienen de las estructuras paramilitares que también hacían presencia en la zona.
Como producto de la presencia de dichos actores armados, el municipio se ha visto afectado por la emergencia de la economía ilegal ligada a la producción y el tráfico de estupefacientes; tendencia que se ha reforzado por la dinámica propia del conflicto nacional, que debido a la intensificación de las operaciones militares en el centro y norte del país han forzado a las guerrillas a desplazarse hacia la región suroccidental e imponer en la región la economía que les sirve de sustento. Túquerres se vio afectada con atentados criminales a concejales y dirigentes cívicos, en el período desde 2002 hasta el 2012, este último año marcado por atentados terroristas contra la fuerza pública y locales comerciales.
Conflicto social
A la existencia del conflicto armado debemos sumar la pervivencia del conflicto social, derivado de la escasa inversión social realizada en el municipio, que ha provocado la emergencia de movimientos sociales tales como el Movimiento de Integración Regional (MIR) y el Movimiento de las ex provincias de Obando y Túquerres. De igual manera la zona rural del municipio se ve afectada por los constantes choques entre indígenas y terratenientes que se disputan el control de la tierra.