En la época prehispánica, el territorio del actual municipio de Sandoná fue habitado por los indígenas quillasingas. La voz quillasinga proviene del quechua killa ‘luna’ y singa ‘nariz’, literalmente, ‘nariz de luna’. Como también la otra denominación Killa igual a: Oio, hueco, guaico. Traducido al castellano sería Hombre del Guaico.
Con el proceso de colonización, las tierras y los indígenas fueron entregados a los encomenderos, quienes se comprometían a enseñarles español y el adoctrinamiento. Entre los españoles o sus descendientes más inmediatos, que obtuvieron tierras a mediados del siglo xvi en la región del huaico, donde se sitúa Sandoná, están: Juan Rodríguez de Aragón, capitán conquistador; Sebastián de Belalcázar; Alonso de Roales; Rodrigo Guerrero, capitán conquistador, Francisco de Herasso, capitán encomendero y regidor de Pasto; Comunidad de Dominicos, Alonso de Argüello. Padre Diego de Bermúdez, doctrinero de Ancuya, Orden de la Inmaculada Concepción; Alonso de Nieto, conquistador y poblador de Pasto. Los diferentes predios que conformaban la antigua hacienda de Sandoná estuvieron en poder de la Orden de la Inmaculada Concepción, los cuales alcanzaron una extensión de 114 kilómetros cuadrados. Siendo expropiada esta, en 1863, por el Gobierno nacional, al amparo de la Ley de Bienes de Manos Muertas de 1861, emitida por el general Tomás Cipriano de Mosquera, presidente de los Estados Unidos de Colombia, quien años más tarde, el 24 de noviembre de 1866, donó a los indígenas de Sandoná 49 hectáreas para fundar el poblado en el lugar llamado Los Llanos de Sandoná, hoy Sandoná.
Fue creado el 7 de enero de 1867 con el nombre de Distrito de la Libertad. En 1868 recibió el nombre de Distrito de Mosquera. En 1874 Distrito del Rosario.
A partir de 1878, como Distrito de Sandoná con capital Los Llanos de Sandoná y posteriormente tan solo Sandoná.
