En el año de 1536 fue iniciada la organización de varios caseríos en el territorio de los Pastos, entre ellos el del Cacique Papial por orden desde Quito del español Sebastián de Belalcazar. En documentos que se encuentran en Madrid, Sevilla y Quito se habla del año 1537 como el año de la Hispanidad Pupialeña, lo que indica que el poblado existió con anterior a la fecha indicada. Como parroquia fue levantada en 1734, pero por orden directa del rey de España Felipe II, es municipio desde el 29 de agosto de 1581, según ley 131de 1863 que creó la municipalidad de Obando. En la ley 131 se destacan los distritos parroquiales de Ipiales, Cumbal, Males, Pupiales, les, entre otros. Las aldeas de Gualmatán se anexó a Pupiales y la de Puerres a Males (hoy Córdoba). De esta manera se les definió límites de manera vaga y general que en su gran mayoría no han sufrido modificaciones. Mediante ordenanzas números 7 y 11 de agosto de 1871 de fijaron su limites definitivos, dejando de ser parroquias y pasando a ser territorios municipales.
El nombre de Pupiales, según el esquema de ordenamiento territorial, tuvo origen en el Cacique Pupial o Papial, el cual pertenecía a la tribu de los Pastos; la palabra Pupiales proviene del Quechua Papil, que significa “Secar al Sol la humedad” y “allí” o “alí” que quiere decir “gente buena”. Según Justino Mejía y Mejía “Pupiales fue una de las primeras poblaciones en el territorio de los Pastos”.
Pupiales siendo el camino de los Incas se puebla de soldados y capitanes españoles en el conglomerado indígena de los indios Pastos, que ya existía de muchos siglos antes, razón por la cual se puede afirmar que esta población es una de las más antiguas del Departamento de Nariño. Los restos arqueológicos encontrados en la región de Miraflores en 1972, así lo demuestran y además han sido de una gran valor por su terminado y la técnica utilizada. Los hallazgos arqueológicos encontrados en la vereda Miraflores llamaron la atención del país y permitieron que el Municipio, conocido como “La Cuna del Pensamiento,” fuera declarado Monumento Nacional.,
Cuenta con cuatro Instituciones Educativas, la Normal Superior “Pío XII”, regentada por Hermanas Franciscanas y donde se forman los docentes de la zona, la Institución Técnica Agropecuaria “José María Hernández”, que goza de un prestigio elevado por su calidad educativa, la Institución Educativa Nacional de Comercio y la Institución Educativa “Los Héroes”.
