La palabra Gualmatán proviene de dos vocablos de la lengua pasto: guale, que significa fuente de agua, y matan que significa monte de flores.
Las tribus Quillacingas habitaron el actual territorio gualmatense por al menos 3 mil años. Las hordas incaicas alcanzaron el sur de Nariño a mediados del siglo XV. El Inca Huayna Capac gobernó esta zona entre 1483 y 1525, creando los ayllus de Yaesnan, en lo que hoy es Gualmatán, y Champutis, en lo que hoy es el corregimiento de Cuatis.
Tras la llegada de los conquistadores españoles, Gualmatán se convierte en punto de descanso para los caminantes que viajan entre Pasto y Quito. En 1536 una expedición de cuatrocientos españoles y tres mil indígenas dirigidos por Sebastián de Belalcazar llega a la región en busca de El Dorado y somete a la población local. Para 1550, el Capitán Alonso de Ahumada asume la encomienda que abarca desde Camellones hasta el páramo Rucio (Paja Blanca). Los jesuitas heredan la encomienda que pasa a manos del Capitán Diego de Benavides en 1589.
Con la aparición del Señor de Los Milagros en 1611, se establecen en la comarca Asencio Tepud de Carlosama, Francisco Chalapud de Aldana, Jose Cuaspud de Pupiales y sus respectivas familias, siendo considerados los fundadores de la aldea de Gualmatán. Se levanta una capilla de madera y adobe, y una vez formada la parcialidad indígena entra a regir el cabildo.
En 1860 Gualmatán asciende a la categoría de corregimiento de Pupiales, y el 1 de julio de 1881 es erigido municipio, según ordenenza No. 2 de la municipalidad de Obando, asumiendo como primer alcalde el señor Adolfo Lucero. En 1890 Gualmatán es derogado a corregimiento, sin embargo en 1892 se le devuelve su categoría de municipio, estatus que conserva en la actualidad.
