Guachucal fue fundado por el cacique Guachalés, en el año de 1535. La historia dice: al pie de Guachucal existía un inmenso lago llamado Nalnoa que se extendía desde Muellamués hasta el Espino y desde Guancha hasta las estribaciones del Azufral. Este lago ya no existe, tenían como deidad al Dios Iboag y le adoraban en un templo situado en lo alto de Colimba, hasta que un día unos invasores negros llegaron al templo del Dios Iboag y lo profanaron. Este se fue hasta las alturas del Gualcalá y levantando sus chontas mágicas maldijo al pueblo invasor y ordenó a las aguas del Lago que se vaciaran, el lago se despeñó por el Chambú llevándose a la raza invasora.
En el año de 1900 la población fue actor y teatro de la batalla que se libró en los campos vecinos de Colimba, Cascajal y Simancas entre el ejército católico y el liberal, saliendo derrotado el partido liberal.
En cuanto a la historia del municipio era ya importante a la llegada de los españoles, siendo la capital de la Provincia de los Pastos, en donde residía un teniente el cual ayudaba al cacique que era por lo general gobernador de indígenas. En cuanto al nombre Monseñor Mejía y Mejía informa que hasta fines del siglo XVII era Giochocal y que tenía que ver con la condición de los pantanos de su sumamente acuático territorio, más tarde se pronuncia Guachocal y luego Guachucal.
