Por mandato de su majestad el rey Felipe IV, y por cédula del 12 de marzo de 1615, se concede licencia para que los hijos de la Compañía de Jesús hiciesen «la fundación de una villa» en lugar conveniente con el cabildo de la fidelísima ciudad de San Juan de Pasto. Los misioneros de la Compañía decidieron entonces visitar las regiones que se encontraban más allá del Río Carchi, atravesando el puente de Rumichaca; se percataron que las poblaciones indígenas de Pastos y Quillasingas tenían un buen nivel de desarrollo cultural y sugirieron establecer misioneros en esos territorios.
Muy pronto, bastas extensiones de tierra como las haciendas de Funes, Capulí, Iles y Chillanquer en Yacuanquer fueron de propiedad de los Jesuitas, quienes contaron con su misión evangelizadora con el pleno respaldo de las autoridades españolas e indígenas que gobernaban en la Región el 2 de junio de 1616, los misioneros LUCAS FUNES (Viceprovincial) y el padre Miguel de Téllez, religiosos españoles pertenecientes a la congregación compañía de Jesús, provenientes de Ecuador, fundaron la población de Funes, en la estancia arriba de los ríos Angasmayo y Guáitara, por su ventajosa situación y buenas tierras con agua, la que estaría habitada por moradores de FUNES, ILES, IMUES y YACUANQUER.
El acta de fundación de la población de Funes, que reposa en el archivo nacional de Quito contiene dos sellos reales del Rey Fernando de España y Nueva Granada. Los fundadores : LUCAS FUNES, nació en Aragón (España) el 15 de septiembre de 1576 y Murió en Quito el 13 de julio de 1656 y Miguel de Téllez Nació en Toledo (España) el 20 de marzo de 1579 y Murió en Bogotá el 8 de febrero de 1643.
El padre Lucas Funes en compañía del padre Miguel de Téllez, (de ahí el nombre de la población Funes y el río Tellez) perteneciente a la Compañía de Jesús, también viajaron a estas tierras y acamparon en la región arriba del río angasmayo. Se encontraban por estos lugares impartiendo instrucciones cristianas de los mercedarios y dominicos, quienes les ayudaron a guiarlos con el conocimiento importante región del país de “los señores de la luna”, o de los quillasingas. Estos dos sacerdotes viajaron desde Zaragoza, donde se encuentra el Monte Montaño con 100 familias, quienes habitaron posteriormente la región de Funes. De allí que ese apellido (Montaño) se distinguiera en la región y en la actualidad se ha propagado de tal forma que se considera apellido Nariñense, sin embargo su origen es español. Estas 100 familias ayudaron en la evangelización y se multiplicaron, de la unión de dos de esas familias, después de dos siglos y medio, ambas de apellido Montaño, nació José Montaño, quien en el siglo XX fue el presidente del partido conservador en la región de Funes, personaje importante y perseguido por ser un político destacado de la época.
Desde un comienzo contaron con el apoyo de los caciques y demás autoridades españolas e indígenas que gobernaban los diferentes lugares donde visitaban. Fue tanto el aprecio hacia estos dos destacados Jesuitanos venidos del Ecuador y de origen Español, que los encomenderos y regidores les brindaron toda clase de apoyo, y los dueños o terratenientes indígenas les regalaron grandes extensiones de tierras para que no se fueran del lugar y cooperaran a la culturización regional.
Por eso las haciendas de Funes, Capuli, Iles y Chillanquer en Yacuanquer fueron de propiedad de los Jesuitas. Era el año de 1616 y un día propicio para que naciera un nuevo pueblo, el 2 de junio, los habitantes de lo que hoy son los municipios de Funes, Iles, Imues y Yacuanquer. El padre viceprovincial Lucas Funes y el padre Miguel de Téllez , decidieron fundar un poblado que sea el asiento de un futuro y próspero pueblo. El sitio ya estaba elegido y al acta de fundación, documento investigado por el historiador doctor Guillermo Narváez Dulce , en el archivo nacional de Quito (Ecuador).
Batallas libradas en el territorio de Funes
El escritor Neftalí Benavides Rivera, en una de sus más importantes reseñas históricas refiere en los siguientes términos, la gesta de mayor trascendencia, libradas en el territorio de Funes: La primera y las últimas batallas de la guerra de emancipación por la independencia de Colombia se libraron en Funes; La primera el 16 de octubre de 1809 en la tarabita de “México” y la segunda en la vereda de Sucumbíos el 12 de junio de 1825.
Batalla de la Tarabita de “México”: El 10 de agosto de 1809 en la ciudad de Quito fue depuesta la Real Audiencia y en su reemplazo los criollos constituyeron una junta de Gobierno que debía ejercer en ese país la autoridad que en nombre del monarca español. Uno de los primeros pasos de esa junta, fue la organización de un ejército regular que marchara sobre Pasto, con el propósito de procurar la anexión de su territorio al Ecuador. El 13 de octubre llegó este ejército con 300 soldados al punto llamado México a las riveras del río Guáitara frente a la población de Funes, donde existía un paso de tarabita. Las fuerzas ecuatorianas venían bajo las órdenes de los capitanes Francisco Javier Ascásubi y Manuel Zambrano. Tres días después se trabó un reñido combate con las tropas absolutistas compuestas por doscientos hombres de Pasto y Funes, al mando del capitán Miguel Nieto Polo y del teniente del gobernador, Tomás de Santacruz. Las tropas absolutistas acometieron con tal vehemencia, que al cabo de una hora, derrotaron a los quiteños. El 16 de octubre; muchos meses antes que en Santafé de Bogotá explotara la batalla del 20 de julio de 1810, ya en Funes se había librado la primera batalla por la independencia.
Batalla de Sucumbíos: El 12 de junio de 1825, en Sucumbíos, cerca del paso de Funes, los generales patriotas Juan José Flores y Antonio Farfán, vencieron a los jefes realistas Juan y José Benavides, funeños tenientes del general pastuso Agustín Agualongo, quien había sido fusilado en Popayán el 13 de julio del año anterior.
Batalla de Puerres: Un soldado funeño, el capitán Emiliano Santacruz dirigió el combate escenificado el 20 de septiembre de 1901, en inmediaciones del poblado de Puerres, con el cual se dio fin a la Guerra de los Mil Días. En esta gesta se dice que cayo herido de muerte el general Avelino Rosas, jefe de las fuerzas revolucionarias liberales; ante él in suceso, Rosas le pidió al capitán Santa Cruz que no lo matara y lo llevara ante sus superiores para hacer entrega de su espada; Santacruz, entonces, con toda consideración lo llevó a la población de Puerres donde lo entregó al jefe de las fuerzas gubernamentales conservadoras. Se dice que en esta batalla participó don Julián Bucheli, primer gobernador del departamento de Nariño como coronel de las fuerzas vencedoras. Cabe destacar que el entonces presidente del Ecuador, Eloy Alfaro, había brindado ayuda a las fuerzas liberales.
