En 1906 la población fue destruida por un terremoto-maremoto que se conoció con el nombre de “La Visita”.
En 1953 un incendio destruye el 95% del corregimiento de El charco. En ese entonces la población pertenecía al Municipio de Iscuandé.
En 1967 se segrega del Municipio de Iscuandé y se crea el nuevo municipio de El Charco. A raíz de este suceso, hubo debates y discordias entre los moradores y los sacerdotes carmelitas respecto al nombre del pueblo porque los pobladores querían bautizarlo con nombre de El Charco y la orden religiosa quería que se llamara San Juan Bautista en honor al santo patrón. Finalmente se impuso la voluntad de sus habitantes.
El 12 de diciembre de 1979 un terremoto-maremoto destruye completamente la población.
